指定された在留期間が終われば、在留資格は無効になってしまいますので、引き続き日本に滞在したい場合には、「在留資格の更新」という手続きをしなくてはなりません。

更新手続きを忘れてしまったり、更新を怠ったりして在留期間が過ぎてしまった場合には、無資格で滞在している（不法滞在）ことになり、退去強制（国外退去）されることになります。実際には、期限を1日過ぎたからすぐに強制送還ということはありませんが、不法滞在の状態ですので急ぎ専門家にご相談ください。

在留資格更新の申請をしてから、許可が下りるまで通常であれば2週間から1か月かかります。ただ、外国人留学生が卒業を迎える1～3月などは出入国在留管理庁も混雑しており、1か月以上かかる場合もあります。

在留資格更新許可申請は、在留期間満了の3か月前から受付けされますので、早めに申請するようにしましょう。

在留期間内に更新の申請をしている場合で、処分（許可・不許可）が下りる前に在留期間が満了してしまった場合には、「特例期間」が適用されます。
「特例期間」とは、在留期間満了日までに在留期間の更新を申請した場合に、その申請に対する処分が在留期間満了日までにない場合には、処分がされるとき又は在留期間満了日から2か月を経過する日のいずれか早い時までの間は、引き続きそれまでの在留資格で日本に在留することが出来るというものです。
出入国在留管理庁としては、原則としてこの２か月の期間内に処分をすることになっています。
ただし、もともとの在留資格が３０日以下の在留期間であった場合には、この「特例期間」の適用はありませんのでご注意ください。

特例期間中は、それまでの在留資格が有効ですので、就労可能な在留資格であれば引き続き就労することが出来ますし、在留期間満了前に取得していた資格外活動許可も引き続き有効です。

この場合、パスポートに、「特定活動」と記載されたシールが貼付されます。この「特定活動」とは、在留期間が過ぎた後でも日本に特別に滞在できる「出国準備期間」です。30日の場合と31日の場合があります。（* 特定活動「出国準備」を参照）